Wojewódzka Stacja Sanitarno-Epidemiologiczna w Gdańsku przeprowadza kontrole jednostek organizacyjnych Państwowej Inspekcji Sanitarnej województwa pomorskiego w oparciu o Plan kontroli, który uwzględniony jest w „Planach zasadniczych przedsięwzięć Wojewódzkiej Stacji Sanitarno-Epidemiologicznej w Gdańsku” na kolejny rok, zatwierdzony przez Głównego Inspektora Sanitarnego, Pomorskiego Państwowego Wojewódzkiego Inspektora Sanitarnego oraz Wojewodę Pomorskiego.